تام کروز در مراسم شصت و یکمین دوره جوایز اُسکار سال ۱۹۸۹
تام کروز در سال ۱۹۸۷ با میمی راجرز هنرپیشهٔ آمریکایی ازدواج کرد. میمی باعث آشنایی او با آئین ساینتولوژی شد. این زوج در ۴ فوریه سال ۱۹۹۰ از هم جدا شدند. کروز در همان سال به هنگام بازی در فیلم «روزهای تندر» با نیکول کیدمن هنرپیشه استرالیایی آشنا شد و مدتی بعد با وی ازدواج کرد. این زوج سرشناس، جذاب و محبوب، تا سال‌ها از سرشناس‌ترین زوج‌های هالیوود به‌شمار می‌آمدند. آن‌ها دو کودک را به فرزندخواندگی پذیرفتند. در سال ۲۰۰۱ در حالی که نیکول سه‌ماهه باردار بود از یکدیگر جدا شدند که موجب شد نیکول کودک مذکور را سقط کند. برخی معتقدند دلیل جدایی وی از نیکول ناتوانی نیکول کیدمن در بچه‌دار شدن به دلیل حاملگی خارج‌رحمی بوده‌است. که نادرست بود. سپس کروز تا سال ۲۰۰۴ با پنه‌لوپه کروز هنرپیشه اسپانیایی ارتباط داشت. از اواخر سال ۲۰۰۴ تا ژانویه ۲۰۰۵ با هنرپیشه ایرانی-بریتانیایی نازنین بنیادی رابطه داشت و پایان یافت.
در سال ۲۰۰۵ با کیتی هولمز هنرپیشه آمریکایی آشنا شد و مدتی بعد بر فراز برج ایفل به وی پیشنهاد ازدواج داد. مراسم عروسی آن‌ها در ۱۸ نوامبر ۲۰۰۶ در براچیانو ایتالیا برگزار شد. این زوج هنری به اختصار با عنوان «تام کت» نیز شناخته می‌شوند. پیش از آن در ماه آوریل همان سال نخستین فرزند آن‌ها به دنیا آمد که نام «سوری» (به معنای شاهزاده در زبان عبری و رز قرمز در زبان پارسی) را برای وی برگزیدند. سوری نخستین فرزند تنی تام و کِیتی است و سومین فرزند تام کروز به حساب می‌آید. در ۲۹ ژوئن ۲۰۱۲ و پس از پنج سال زندگی مشترک اعلام شد که هلمز روند قانونی طلاق از تام کروز را در نیویورک آغاز کرده‌است. وکلای این زوج تا ژوئیه ۲۰۱۲ به توافق رسیدند. هلمز و کروز توافق کرده‌اند که سوری نزد مادرش زندگی کند.