وینونا لورا هوروویتز در ۲۹ اکتبر ۱۹۷۱ در وینونا، مینه‌سوتا زاده شد. او دختر سینتیا پالمر، نویسنده، تهیه‌کننده و ویراستار ویدیو و مایکل د. هوروویتز، نویسنده، ویراستار، ناشر و کتابفروشی عتیقه‌شناس است. او همچنین به عنوان یک آرشیویست برای مربی روان گردان، دکتر تیموتی لیری (که پدرخوانده او بود) کار می‌کرد. پدرش یهودی است (خانواده او از روسیه و رومانی مهاجرت کرده‌است)، و رایدر خود را به عنوان یک یهودی توصیف کرده‌است. بسیاری از اعضای خانواده وی در هولوکاست کشته شدند. نام خانواده پدرش در اصل «تامچین» بود اما زمانی که به ایالات‌متحده مهاجرت کردند به «هوروویتز» تغییر پیدا کرد.
به خاطر دوستی پدر و مادرش با لورا هاکسلی، همسر نویسنده آلدوس هاکسلی، نام کوچکش را وینونا (نام شهر محل تولدش) گذاشتند. نام هنری او از یعنی رایدر از میچ رایدر، خواننده راک معروف گرفته شد که پدر وینونا از طرفداران او بود. پدر او یک خداناباور و مادرش یک بودایی بود. اما او خودش را یک یهودی می‌داند. رایدر، یک برادر کوچک‌تر به نام یوری (به افتخار اولین فضانورد شوروی، یوری گاگارین)، دو برادر و یک خواهر ناتنی از ازدواج قبلی مادرش دارد. در سال ۱۹۷۸ او و خانواده‌اش زمانی که او هفت سال داشت به کومون در الک، شهرستان مندوسینو، کالیفرنیا و جایی که با هفت خانواده دیگر در یک قطعه زمین ۳۰۰ هکتاری زندگی می‌کردند، نقل‌مکان کردند. از آنجا که محل زندگی اش فاقد برق و تلویزیون بود، او زمان خود را صرف خواندن کرد و تبدیل به یکی از طرفداران سرسخت جی. دی. سالینجر شد. بعد از اینکه مادرش چند فیلم را در یک صفحه نمایش خانوادگی به او نشان داد، علاقه‌ای به بازیگری پیدا کرد.
او و خانواده‌اش در ۱۰ سالگی به پتالوما، کالیفرنیا نقل‌مکان کردند. در سال ۱۹۸۳، وقتی او ۱۲ ساله بود، در تئاتر کنسرواتوار سان فرانسیسکو ثبت نام کرد و اولین درس‌های بازیگری خود را آموخت. در همان سال، طی حادثه ای نزدیک بود غرق شود، و این موجب آب‌هراسی او شد. این ضربه روحی باعث شد تا مشکلاتی در صحنه‌های زیر آب فیلم بیگانه: رستاخیز پیدا کند و هر صحنه را چند بار فیلمبرداری کنند تا به نتیجه مطلوب برسند. او در سال ۱۹۸۹ از دبیرستان پتالوما با مدرک نمره عالی فارغ‌التحصیل شد.

‎.mw-parser-output .tmulti .thumbinner{display:flex;flex-direction:column}.mw-parser-output .tmulti .trow{display:flex;flex-direction:row;clear:left;flex-wrap:wrap;width:100%;box-sizing:border-box}.mw-parser-output .tmulti .tsingle{margin:1px;float:left}.mw-parser-output .tmulti .theader{clear:both;font-weight:bold;text-align:center;align-self:center;background-color:transparent;width:100%}.mw-parser-output .tmulti .thumbcaption{text-align:right;background-color:transparent}.mw-parser-output .tmulti .text-align-left{text-align:left}.mw-parser-output .tmulti .text-align-right{text-align:right}.mw-parser-output .tmulti .text-align-center{text-align:center}@media all and (max-width:720px){.mw-parser-output .tmulti .thumbinner{width:100%!important;box-sizing:border-box;max-width:none!important;align-items:center}.mw-parser-output .tmulti .trow{justify-content:center}.mw-parser-output .tmulti .tsingle{float:none!important;max-width:100%!important;box-sizing:border-box;text-align:center}.mw-parser-output .tmulti .thumbcaption{text-align:center}}